重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。除了全基因組甲基化測序技術等研究手段,對于大樣本量甲基化研究來說,更需要靈活、有針對性的技術方案。NGS-BSP方法適合幾個到幾十個基因或者位點進行大樣本甲基化測序或者驗證項目,具有更快速的實驗周期及低成本優勢。技術優勢高效靈活的目標區域甲基化檢測的工具BSP和高通量測序完美結合,單堿基分辨率適合幾個到幾十個位點的大樣本驗證項目適合所有動物樣本、周期快、檢測位點靈活、性價比高科學方案設計從項目背景了解、協助方案設計、實驗材料選取、建庫測序,到數據分析每個項目有特定的科學問題;需要專業、有價值的建議;科學、縝密的設計及時高效的溝通;以保障高質量研究成果樣本要求:基因組DNA:>=1ug(20個區域/位點);樣品濃度>30ng/ul;無RNA和蛋白污染建庫測序:測序策略:IlluminaHiSeq,PE150;測序深度:>。 甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環。北京MeDIP-Seq技術服務
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星狀細胞(HSC)是導致肝纖維化發生和進展的關鍵細胞類型。DNA羥甲基化與轉錄***有關,其模式在人類疾病中經常發生改變。研究者采用簡化基因組氧化-亞硫酸鹽測序(RRBS/oxRRBS)檢測靜止和******狀態的大鼠HSC細胞的5mC和5hmC水平,證實了5mC和5hmC在肝纖維化和HSC轉分化過程中的整體變化,表明DNA甲基化/羥甲基化是HSC***的關鍵步驟,可能會為支持纖維生成的分子事件帶來新的見解,并可能為疾病進展提供生物標志物以及潛在的新藥物靶點。 陜西hMeDIP-Seq技術服務售后服務ChIP-Seq 能實現真正的全基因組分析。
焦磷酸測序(Pyrosequencing)隨著技術的不斷改進,現在認為焦磷酸測序技術(Pyrosequencing)是甲基化檢測新的金標準。焦磷酸測序作為一種新的序列分析技術,能夠快速地檢測甲基化的頻率,對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測,為甲基化研究提供了新的途徑。在序列延伸過程中,根據C和T的摻入量來定量確定單個位點的C-T比例。因此,不同位點的甲基化變異就能被準確檢測,并給出精確的甲基化程度的數據。QIAGEN公司在焦磷酸測序的應用上具有明顯的優勢,目前提供三種焦磷酸測序儀器,通量由低到高,適合不同的應用。PyroMarkQ24的強項在于可對多達24個樣品進行焦磷酸測序。需要大樣品量的應用更適合在PyroMarkQ96ID上進行。在考慮到處理成百上千個樣品所需的大量試劑時,運行通量**化可能會使實驗成本變得很高。而PyroMarkQ96MD裝有一臺高度靈敏的光檢測攝像頭,可以在減少試劑量的情況下對少量的DNA模板進行準確測序。這些不同平臺的推出,對于我們實際研究提供了更有效的檢測手段。
GOS2基因靶向甲基化測序確定了一種快速復發、常規致死的腎上腺皮質*亞型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA數據,在114例腎上腺皮質**的**隊列中鑒定了一個在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,并通過高通量BSP得到驗證。G0S2基因CpG島高甲基化**預測不良臨床后果,是ACC快速復發或致死的標志。評估G0S2甲基化對臨床決策是直接可行的,并有助于對侵襲性ACC進行有效輔助***。 WGBS和RRBS都是金標準技術, CNS發表文章都很多,廣發被接受。
隨著二代測序技術的告訴發展,測序成本大幅度下降,使得真正實現全基因組甲基化分析的研究成為可能。隨著人類甲基化圖譜繪制成功,已經陸續有多個物種的甲基化圖譜構建完成。研究者將傳統的DNA甲基化檢測方法,如亞硫酸氫鹽轉化與高通量測序相結合,可以實現單堿基精度的甲基化圖譜的構建。此外將成熟的MeDIP技術與二代測序相結合,可以快速有效地尋找基因組上的甲基化區域,從而比較不同細胞、組織、甚至疾病樣本間的DNA甲基化修飾模式的差異。因此該技術也特別適用于大樣本量的疾病表觀研究。第三代測序技術的出現,更是讓甲基化的直接測定成為可能。一年前,美國PacificBiosciences公司利用獨有的單分子實時(SMRT)測序技術,直接測定了DNA的甲基化。這項成果發表在《NatureMethods》雜志上。 焦磷酸測序能提供雜合子缺失及細菌和病毒分型等技術服務。廣東MeDIP-Seq技術服務
5hmc是發現的一種修飾堿基,成為哺乳動物的“第六堿基”。北京MeDIP-Seq技術服務
發育基因的表觀突變是養殖歐洲鱸魚開始馴化的基礎
Epimutations in developmental
genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)
本研究通過RRBS測序,比較了早期馴化的
(n=12)與野生的(n=12)
歐洲鱸魚在馴化過程中DNA甲基化變化,發現早期馴化的鱸魚與野生的沒有遺傳差異,但在不同胚胎起源的組織中發生DNA甲基化變化。這些甲基化突變與經過25年選擇性育種后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多態性***重疊,表觀突變基因與正選擇基因一致。結果表明馴化初始階的表觀變異是一個重要事件。 北京MeDIP-Seq技術服務