全基因組甲基化測序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是結合重亞硫酸鹽Bisulfite處理和高通量測序，對有參考基因組進行全基因組的單堿基分辨率的甲基化檢測“金標準”方案，***用于人、哺乳動物及農林牧漁方向的高水平甲基化研究。WGBS滿足全基因組DNA甲基化圖譜及疾病關聯分析、基因調控分析、疾病的甲基化標志物篩選等探索性課題的研究。靈長類早期著床前胚胎發育中的DNA甲基化重編程研究——(團隊成員發表).(IF=)靈長類胚胎發生的關鍵表觀遺傳調控需要DNA甲基化重編程。我們首先建立了基于轉座酶的超微量WGBS測序技術，詳細研究了獼猴早期著床前胚胎7個階段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化動態變化過程。******闡明了DNA甲基化動力學的“盈與虧”階段特征，并通過DNA甲基轉移酶功能缺失實驗表明DNA甲基化影響早期猴胚胎發育。 基于高通量測序平臺的甲基化圖譜分析。重慶6mA技術服務歡迎咨詢

    芯片平臺作為目前比較成熟的篩選工具，已經在很多領域有了相應的應用。多家芯片公司在DNA甲基化這塊兒有了相應的產品提供，其中應用**為***的就Agilent平臺和Illumina平臺，相應的產品包括AgilentHumanCpGIslandMicroarrayKit，InfiniumHumanMethylation27BeadChip和InfiniumHumanMethylation450KBeadChip。另外RocheNimbleGen和Affymetrix也有相應的芯片推出，但是NimbleGen的芯片今年下半年已經停產。不同的芯片平臺，各自的實驗過程也是不一樣的。安捷倫前期采用的甲基化DNA免疫共沉淀（MeDIP）技術。將基因組DNA分成兩份，一份用來做MeDIP，另一份作為對照。兩個樣品都標記熒光(富集的樣品用Cy5標記，對照用Cy3標記)，然后與芯片雜交。芯片上每個探針的Cy5/Cy3強度比例顯示出該區域的甲基化程度。 江蘇hMeDIP-Seq技術服務活動提供樣本DNA完整性質檢結果。

    DNA羥甲基化(5hmC)是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基。Bisulfite-Seq并不能區分甲基化(5mC)和羥甲基化(5hmC)，實際上是5mC和5hmC兩種修飾的混合信號，而通過氧化亞硫酸鹽測序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先將5hmC氧化為甲酰基修飾(5fC)，進而被亞硫酸鹽轉換為堿基U，實現DNA甲基化的精細檢測。而同時對樣本進行BS-Seq和oxBS-Seq測序則可實現對5hmC全基因組，單堿基分辨率的檢測，是羥甲基化檢測的金標準方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因組氧化-亞硫酸鹽測序(WGBS/oxWGBS)得到了肝臟和肺以及配對**組織的全基因組DNA甲基化和羥甲基化圖譜。在活躍的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集狀態，而在CpGIsland中則呈稀缺狀態。對啟動子、基因體和轉錄終止區域的羥甲基化分析，羥甲基化與基因表達有很強的正相關，這表明5hmC是活躍基因的標記，并且可以在由DNA去甲基化調節的基因表達中發揮作用。

亞硫酸氫鹽測序PCR(BSP)

這種方法一度被認為是DNA甲基化分析的金標準。它的過程如下：經過亞硫酸氫鹽處理后，設計引物進行PCR擴增目的片段，并對PCR產物進行克隆測序，將序列與未經處理的序列進行比較，判斷CpG位點是否發生甲基化。這種方法可靠，且精確度高，能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態，但因為涉及到測序，其結果準確但要求克隆時所挑克隆較多，操作繁瑣，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依賴于挑選克隆的數目，因此這種方法只能算得上是一種半定量的技術方法。

目前一般會先用BSP找到甲基化位點，然后根據甲基化位點設計MSP引物，進行相應PCR條件摸索，以用于大量樣本的篩選。 細胞、全血、組織樣本干冰運輸。

    DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化轉移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體，將活性甲基轉移至DNA鏈中特定堿基上的化學修飾過程。哺乳動物基因組中，DNA甲基化多發生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一種表觀（epigenetic）修飾，它在不改變DNA序列的情況下，對個體的生長、發育、基因表達模式以及基因組的穩定性起到重要的調控作用，這種修飾是可逆的，并且這種修飾在發育和細胞增殖的過程中是可以穩定傳遞的。近年來的大量研究表明，DNA異常甲基化與**的發生、發展、細胞*變有著密切的聯系。DNA甲基化在**中的作用主要表現在以下幾個方面：一是甲基化的CpG島二核苷酸中的胞嘧啶以較高的頻率脫氨基變成胸腺嘧啶，造成堿基突變；二是抑*基因和DNA修復基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因組總體甲基化水平降低使轉座子、重復序列活化導致染色體穩定性下降。這些因素是導致**發展、轉移、惡化**終導致患者死亡的重要原因。其中后三個方面源于甲基化水平的改變，而甲基化的過程是可逆的，因此可以甲基化位點為靶點，靶向用藥進行**的預防、***。 甲基化驗證是甲基化研究必不可少的一環。重慶6mA技術服務歡迎咨詢

重亞硫酸鹽處理結合測序是目前檢測甲基化的金標準。重慶6mA技術服務歡迎咨詢

甲基化特異性PCR（MS-PCR）

DNA在亞硫酸氫鹽作用后，DNA CpG若無甲基化，則序列中的C改變為U，若有甲基化則保持不變，因此從理論上講，用不同的引物做PCR，即可檢測出這種差異，從而確定基因有無CpG島甲基化。因此根據目的基因修飾前后的改變，就可以相應設計M和U引物，有時我們需要設計兩輪引物。

這種方法靈敏度高，無需特殊儀器，因此經濟實用，是目前應用**為***的檢測方法。不過也存在一定的局限性，預先需要知道待測片段的DNA序列，引物的設計非常重要。另外，亞硫酸氫鹽處理也十分關鍵，若處理不完全則可能導致假陽性的出現。 重慶6mA技術服務歡迎咨詢