術語解讀
數據降維：
降維就是一種對高維度特征數據預處理方法。降維是將高維度的數據保留下**重要的一些特征，去除噪聲和不重要的特征，從而實現提升數據處理速度的目的。在實際的生產和應用中，降維在一定的信息損失范圍內，可以為我們節省大量的時間和成本。降維也成為應用非常***的數據預處理方法。
數據要求：
表達譜芯片或測序數據（已經過預處理）
下游分析
得到PCA分析結果之后的分析有：
1.對組成主要成分的基因進行后續分析，探究該情況下關鍵基因表達情況
2.對組成不同主成分簇的基因進行后續分析，探究該情況下不同基因集的表達情況 檢測服務及數據分析助力取得2020年國自然面上十項、青年基金十八項。山東算法還原與開發數據科學售后服務
GeneInteraction基因互作：基因相互作用指miRNA、lncRNA、circRNA或其它RNA介導DNA轉錄，從而影響mRNA的表達過程。通俗意義上來說，基因互作關系指基于序列預測的靶基因對。miRNA通過與靶mRNA的結合，或促使mRNA降解，或阻礙其翻譯，從而***目的基因的表達。競爭性內源RNA網絡是靶基因預測的研究深入，簡稱ceRNA網絡。通過進行ceRNA網絡的分析，我們能從一個更為宏觀的角度來解釋轉錄體如何構建基因表達調控網絡，從而進一步挖掘基因在其中的調控機制?；驹恚簃iRNA主要通過與靶基因的非翻譯區（UTR）結合而發揮其作用，對miRNA和mRNA、lncRNA、circRNA結合進行的預測稱為靶基因預測。靶基因預測使用軟件根據miRNA和靶基因間的結合的規律預測結合基因對。在生物體內，miRNA可以通過與proteincoding特異性結合，影響相關基因的表達，從而參與調控細胞內的各項功能。ceRNA具有miRNA結合位點，能后競爭性地結合miRNA，***miRNA對靶基因的調控。例如lncRNA與miRNA競爭性結合，影響miRNA調控mRNA的過程，**終導致的mRNA表達失調。我們使用基于序列預測的軟件對差異分析得到的miRNA與mRNA，lncRNA，circRNA進行靶點預測和ceRNA網絡分析。 北京臨床統計數據科學售后分析目前能夠對接超過50家實驗室。
GSVA算法接受的輸入為基因表達矩陣（經過log2標準化的芯片數據或者RNA-seqcount數數據）以及特定基因集。**步，算法會對表達數據進行核密度估計；第二部，基于**步的結果對樣本進行表達水平排序；第三步，對于每一個基因集進行類似K-S檢驗的秩統計量計算；第四步，獲取GSVA富集分數。**終輸出為以每個基因集對應每個樣本的數據矩陣。無監督算法無監督算法常常被用于數據挖掘，用于在大量無標簽數據中發現些什么。它的訓練數據是無標簽的，訓練目標是能對觀察值進行分類或區分等。核密度估計核密度估計（kerneldensityestimation）在概率論中用來估計未知的密度函數，屬于非參數檢驗方法之一。數據要求1、特定感興趣的基因集（如信號通路，GO條目等），列出基因集中基因2、基因表達矩陣，為經過log2標準化的芯片數據或者RNA-seqcount數數據（基因名形式與基因集對應）下游分析1、基因集（如信號通路）的生存分析2、基因集（如信號通路）的差異表達分析3、基因集。
術語解讀：
TME: Tumormicroenvironment
TMEscore: TMEsignature score（使用PCA算法計算得到，高意味著對病毒和干擾素免疫***和應答敏感。）
PCA:Principal component analysis
CIBERSORT:Cell type identification by estimating relative subset of known RNA transcripts
CYT:Cytolytic activity
EMT:Epithelial-mesenchymal-transition
CR: Completeresponse
PR: Partialresponse
PD:Progressive disease
TMB: Tumormutational burden
數據要求：
各細胞之間的相關關系、pvalue、聚類/分類結果、跟預后的關系表。 在基因組上同時展示突變位點和motif，為突變影響轉錄因子結合提供量化和可視化的證據。
Adonis（置換多元方差分析，分析不同分組或環境因子對樣品差異的解釋度）：ADONIS置換多元方差分析（Permutationalmultivariateanalysisofvariance，PERMANOVA），又稱非參數多因素方差分析（nonparametricmultivariateanalysisofvariance）、或者ADONIS分析。使用PERMANOVA可分析不同分組因素對樣品差異的解釋度，并使用置換檢驗進行***性統計?；驹恚褐脫Q多元方差分析（PERMANOVA，Adonis）是一種基于F統計的方差分析，依據距離矩陣對總方差進行分解的非參數多元方差分析方法?；静襟E是基于OTU豐度表，計算樣本間樣本間Bray-curtis距離，然后adonis分析生成結果，繪圖展示。術語解讀：OTU：operationaltaxonomicunits，分類單元Df：自由度，其值=所比較的分組數量-1；SumsOfSqs：即Sumsofsquares，總方差，又稱離差平方和；MeanSqs：即Meansquares，均方（差）；FModel：F檢驗值；R2：即Variation(R2)，方差貢獻，表示不同分組對樣品差異的解釋度，即分組方差與總方差的比值，R2越大表示分組對差異的解釋度越高；Pr(>F)：***性p值，小于***。數據要求：OTU豐度表或者樣本距離矩陣。 可對接各類公共數據庫，切入各類接口，并對公共數據庫進行大規模數據挖掘。成果發表指導數據科學服務
承擔各類項目超過400余項。山東算法還原與開發數據科學售后服務
CNV(拷貝數變異分析)：CNV（copy-numbervariant）是指拷貝數目變異，也稱拷貝數目多態性（copy-numberpolymorphism，CNP），是一個大小介于1kb至3MB的DN**段的變異，在人類及動植物基因組中***分布，主要表現為亞顯微水平的缺失或重復。CNV是近年來基因組學的研究熱點，是許多人類疾?。ㄈ?*、遺傳性疾病、心血管疾病等）發***展的重要分子機制之一。CNV的分析多見于易于發生染色體結構變異的**研究中，也可用于復雜的神經精神疾病的病因學研究，如智力障礙、帕金森病和孤獨癥等，也可用于其他疾病的易感性分析，如銀屑病、克羅恩病和一些自身免疫系統疾病。CNV研究既可用于單個的病例分析，找到遺傳高度異質性的個體致病的遺傳學基礎，如智力低下的病因診斷；也可用于大量的病例一對照分析，患病群體的常見CNV變異研究，還可用于**家系的研究，如疾病相關新發CNV的研究?；驹砟壳爸髁鞯腃NV檢驗方法有RNA-seq和SNPArray，已有研究表明使用轉錄組數據分析到的CNV情況和。CNV分析的**步為篩選somaticCNVs。對正常人來說，基因組應該是二倍體的，所以凡是測到非2倍體的地方都是CNV。但是CNV本身就是人群遺傳物質多樣性的體現，所以對**樣本來說。 山東算法還原與開發數據科學售后服務