GSEA分析：GSEA全名為GeneSetEnrichmentAnalysis（基因集富集分析）。用以分析特定基因集（如關注的GO條目或KEGGPathway）在兩個生物學狀態（如**與對照，高齡與低齡）中是否存在差異。能夠研究基因變化的生物學意義。普通GO/KEGG富集的思路是先篩選差異基因，然后確定這些差異基因的GO/KEGG注釋，然后通過超幾何分布計算出哪些通路富集到了，再通過p值或FDR等閾值進行篩選。挑選用于富集的基因有一定的主觀性，沒有關注到的基因的信息會被忽視，所以有一定的局限性。在這種情況下有了GSEA（GeneSetEnrichmentAnalysis），其思路是發表于2005年的Genesetenrichmentanalysis:aknowledge-basedapproachforinterpretinggenome-wideexpressionprofiles。主要是要有兩個概念：預先定義的基因集S（基于先驗知識的基因注釋信息）和待分析基因集L（一般初始輸入是表達矩陣）；然后GSEA目的就是為了判斷S基因集中的基因是隨機分布于L（按差異表達程度對基因進行排序），還是聚集分布在L的頂部或者底部（也就是存在差異性富集）。如果基因集中的基因***富集在L的頂部或者底部，這說明這些基因的表達對定義的分組（預先分組）的差異有***影響（一致性）。在富集分析的理論中。 做數據分析就找云生物。北京成果發表指導數據科學口碑推薦

    蛋白質主要由碳、氫、氧、氮等化學元素組成，是一類重要的生物大分子。蛋白質的功能由蛋白質的三維結構決定。蛋白質三維結構繪圖，可以直觀地展示蛋白質三維功能結構，廣泛應用于單核苷酸突變功能分析、藥物蛋白分子相互作用分析等研究領域?；驹淼鞍踪|三維結構繪圖主要分為蛋白質三維結構預測以及對結構進行可視化兩步。蛋白質三維結構預測是基于蛋白質中氨基酸序列預測蛋白質折疊結構的步驟，**常用的預測方法為同源建模，同源建模的原理是序列相似的蛋白質具有相似的蛋白質結構，要推測一個未知結構蛋白的三維結構，只需要找到與之序列高度相似的已知結構模板。在無法進行同源建模（找不到模型）的情況下，還有折疊識別及從頭建模法，但是計算量大運行緩慢且建模準確度不如同源建模。獲得蛋白質三維結構預測的pbd文件后還需要通過分子三維結構軟件繪制可視化的三維圖，并分析特殊位點（分子對接或突變位點分析），常用的有pymol和DeepView等。數據要求目標蛋白的氨基酸序列或者編碼蛋白的基因序列，突變數據等。下游分析突變位點靶向藥物分析等。 四川生物/藥物信息學分析數據科學共同合作按照斯普林格學術規范化處理準則提供文稿同行**投稿前意見評估。

    pancancer泛**圖譜泛*研究是通過整合不同**類型、不同組織起源的**表達數據，查找**之間的共性或者差異的過程。通常使用**數據信息較為***的TCGA數據，通過分裂小提琴圖展示某個基因在TCGA**和正常組織中的表達差異。分裂小提琴圖(ViolinPlot)結合了箱形圖和密度圖的特征，主要用來顯示數據的分布形狀，它一般應用于對比某一基因在TCGA**組織和正常組織基因表達量TPM值或其它表達量數據?；驹恚盒√崆賵D(ViolinPlot)使用一組數據中的最小值、**四分位數、中位數、第三四分位數和**值來反映數據分布的中心位置和散布范圍，將多組數據的小提琴圖畫在同一坐標上，可以清晰地顯示各組數據的分布差異。分裂小提琴圖在小提琴圖的基礎上又加入了分組對比項，便于觀察多**類型在某一基因上的表達分布情況，或者某一基因在某一**上，其疾病與正常的對比表達差異情況。

    Adonis（置換多元方差分析，分析不同分組或環境因子對樣品差異的解釋度）：ADONIS置換多元方差分析（Permutationalmultivariateanalysisofvariance，PERMANOVA），又稱非參數多因素方差分析（nonparametricmultivariateanalysisofvariance）、或者ADONIS分析。使用PERMANOVA可分析不同分組因素對樣品差異的解釋度，并使用置換檢驗進行***性統計?；驹恚褐脫Q多元方差分析（PERMANOVA，Adonis）是一種基于F統計的方差分析，依據距離矩陣對總方差進行分解的非參數多元方差分析方法?；静襟E是基于OTU豐度表，計算樣本間樣本間Bray-curtis距離，然后adonis分析生成結果，繪圖展示。術語解讀：OTU：operationaltaxonomicunits，分類單元Df：自由度，其值=所比較的分組數量-1；SumsOfSqs：即Sumsofsquares，總方差，又稱離差平方和；MeanSqs：即Meansquares，均方（差）；FModel：F檢驗值；R2：即Variation(R2)，方差貢獻，表示不同分組對樣品差異的解釋度，即分組方差與總方差的比值，R2越大表示分組對差異的解釋度越高；Pr(>F)：***性p值，小于***。數據要求：OTU豐度表或者樣本距離矩陣。 根據委托方提供的參考文獻和要求進行個性化特定分析。

    mutationEvents**已存在的基因突變會影響其他基因的突變，突變分析時確定這些基因突變潛在的相互作用，能更好地了解健康細胞轉化為*細胞的過程和機制。DISCOVER，一種針對基因突變的統計檢驗工具，幫助尋找***的基因突變間互斥性和共現性。一般可應用的研究場景：探索一組基因是否在**中存在互斥性和共現性；基于基因突變的互斥性和共現性，研究**發***展的潛在機制?；驹恚篋ISCOVER（DiscreteIndependenceStatisticControllingforObservationswithVaryingEventRates）是一種用于檢測**基因組數據的共現性和互斥性的新統計檢驗方法。與Fisher'sexacttest等用于這些任務的傳統方法不同的是，DISCOVER基于一個空模型，該模型考慮了總體**特異性的變化率，從而決定變化率的同時發生的頻率是否高于或低于預期。該方法避免了共現檢測中的虛假關聯，提高了檢測互斥性的統計能力。DISCOVER的性能與其他幾個已發布的互斥性測試相比，在整個***性水平范圍內，DISCOVER在控制假陽性率的同時更敏感。 WGCNA其譯為加權基因共表達網絡分析。上海算法還原與開發數據科學活動

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ssGSEA（single sample GSEA）主要針對單樣本無法做GSEA而提出的一種實現方法，原理上與GSEA是類似的。ssGSEA根據表達譜文件計算每個基因的rank值，再進行后續的統計分析。通過這個方法，我們可以得到每個樣本的免疫細胞或者免疫功能，免疫通路的活性，然后根據免疫活性進行分組。

ssGSEA量化免疫細胞浸潤**的一個優點就是自己可以定制量化免疫浸潤細胞種類。目前公認并且用的**多的免疫細胞marker就是2013年發表在Immunity上的SpatiotemporalDynamicsof IntratumoralImmuneCellsReveal the Immune Landscape in Human Cancer 所提供的免疫細胞marker genes（Table S1），能提取到24種免疫細胞信息。 北京成果發表指導數據科學口碑推薦