棒棒糖圖是直觀顯示蛋白質結構上的突變點**簡單且有效的方式。許多致*基因具有比任何其他基因座更頻繁突變的優先位點。這些位點被認為是突變熱點，棒棒糖圖可以用于顯示突變熱點以及其他突變位點。并可以對比不同**/亞型的突變位點。

基本原理

將蛋白質結構根據氨基酸順序繪制為長條形，以不同色塊標注不同結構域，在基因突變導致氨基酸改變的位置標注棒棒糖，并在棒棒糖圓球標注位點的突變頻數以及突變位點。

數據要求

基因突變或者蛋白質突變數據

下游分析

1、突變位點靶向藥物分析

2、驅動基因突變分析 承擔各類項目超過400余項。云南組學數據處理數據科學共同合作

    immune-network免疫網絡**微環境（TME）是**周圍的環境，包括周圍血管，免疫細胞，成纖維細胞，信號分子和細胞外基質（ECM）。**與周圍微環境密切相關，不斷相互作用。**可以通過釋放細胞外信號，促進**血管生成和誘導外周免疫耐受來影響微環境，而微環境中的免疫細胞可以影響*細胞的生長和進化。免疫細胞泛指所有參與免疫反應的細胞，也特指能識別抗原，產生特異性免疫應答的淋巴細胞等。主要包括T淋巴細胞、B淋巴細胞、單核細胞、巨噬細胞、粒細胞、肥大細胞、輔佐細胞，以及它們的前體細胞等，是免疫系統的功能單元。**微環境中免疫細胞之間相互作用形成免疫網絡，網絡設立可以清晰了解**微環境中免疫細胞之間的影響機制。應用場景用網絡圖同時展示相關關系、pvalue、聚類/分類結果、跟預后的關系。-例如例文中各細胞之間的相關關系、跟預后的關系。基本原理：免疫系統遍布全身，涉及多種細胞、***、蛋白質和組織。它可以區分我們的組織和外來組織自我和非自我。死亡和有缺陷的細胞也會被免疫系統識別和***。如果免疫系統遇到病原體就會產生免疫反應。免疫細胞泛指所有參與免疫反應的細胞，也特指能識別抗原，產生特異性免疫應答的淋巴細胞等。 重慶算法還原與開發數據科學自有服務器機房，可隨時調用各計算平臺算力，且團隊成員有多年科研經歷。

    術語解釋：互斥性（mutuallyexclusive）：一組基因中只有一個在一種**中發生改變，這種現象被稱為互斥性。共現性（co-occurrence）：不同途徑功能的基因突變可能發生在同一**中，這種現象被稱為共現性。數據要求：基因突變數據下游分析：對于存在共現性或互斥性的基因對/基因集基因集的功能分析基因集相關的生存分析基于基因集的潛在靶向藥物分析文獻一：Functionalgenomiclandscapeofacutemyeloidleukaemia急性髓性白血病的功能基因組圖（于2018年10月發表在Nature.，影響因子）文獻中使用DISCOVER40方法評估531例白血病患者中**常見的復發性突變的共現性或排他性，并用點圖展示。文獻二：ALPK1hotspotmutationasadriverofhumanspiradenomaandspiradenocarcinoma文獻中利用DISCOVER共現性質和互斥性分析工具對ALPK1和CYLD的互斥性進行了評價。

Bubbles可以同時展示pvalue和表達量。例如展示motif的pvalue和motif對應的轉錄因子的表達量，方便快速看出轉錄因子富集且高表達所在的group，預示著該分組對細胞狀態的改變（例如細胞分化、轉移、應激）起關鍵調控作用；例如做基因功能富集分析時，展示富集的通路qvalue和基因數量或geneRatio。

基本原理：

Bubbles的實質是分組數據下基因表達量或通路內基因數量的可視化，同時可以展示pvalue。

數據要求：

表達矩陣，分組 構建新的臨床預測模型。

    術語解釋：Cox回歸：又稱比例風險回歸模型(proportionalhazardsmodel，簡稱Cox模型)，是由英國統計學家。該模型以生存結局和生存時間為應變量，可同時分析多種因素對于生存期長短的影響。Cox模型能分析帶有截尾生存時間的資料，且不要求估計資料的生存分布類型，因此在醫學界被***使用。Logistic回歸：又稱邏輯回歸模型，屬于廣義線性模型。邏輯回歸是一種用于解決二分類問題的分析方法，用于估計某種事物的可能性。相較于傳統線性模型，邏輯回歸模型以概率形式輸出結果，可控性高且結果可解釋性強。數據要求：樣本臨床信息或生物學特征（基因突變、基因表達等）樣本的隨訪數據（總生存期，生存狀態）或樣本的分組情況下游分析：1.補充相關因素的已有相關研究2.解釋相關因素對研究課題的意義。 云生物深度理解科研需求、強大分析處理能力。重慶算法還原與開發數據科學

TCGA數據機器學習研究數據包。云南組學數據處理數據科學共同合作

    PPImodule蛋白質互作蛋白質-蛋白質相互作用（protein-proteininteraction,PPI）是指兩個或兩個以上的蛋白質分子通過非共價鍵形成蛋白質復合體（proteincomplex）的過程。PPImodule是指共表達蛋白模塊或蛋白質相互作用模塊。蛋白質相互作用形成人體復雜的蛋白質相互作用網絡，對蛋白質相互作用網絡進行聚類形成模塊從而幫助我們理解細胞的功能。我們一般使用PPImodule把基因列表跟蛋白相互作用網絡聯系起來。例如RNA-seq獲得的差異表達基因，看他們在蛋白相互作用網絡中，哪些基因處于同一module。基本原理：蛋白質在細胞中的功能取決于它與其他蛋白質、核酸和小分子相互作用關系，對蛋白質相互作用網絡進行聚類形成模塊，各個蛋白模塊發揮不同的功能，我們將基因列表重疊于模塊上，查找基因列表所在的功能模塊，從而發現基因列表中的基因可能發揮的細胞功能。我們通過PPI數據庫找到共表達蛋白中的module,然后從模塊中篩選出基因列表的產物蛋白，篩選出的結果就是基因列表***表達的PPImodule。 云南組學數據處理數據科學共同合作