增值稅：
支付境外賠償金：根據《中華人民共和國增值稅暫行條例》及其相關規定，境外公司取得境內企業支付的賠償金不屬于增值稅的征稅范圍，因此，境內出口企業支付境外公司的賠償金時不需要代扣代繳增值稅。
收到境外賠償金：如果外貿企業從境外公司獲得賠償款，這筆賠償款也不需要繳納增值稅。
企業所得稅：
支付賠償金：如果賠償金是針對貨物本身的質量問題，所支付的賠償金實際上相當于對購貨方銷售貨物的折扣或折讓，應沖減當期銷售收入。如果是針對貨物質量帶給國外客戶的損失，應直接計入營業外支出，根據《企業所得稅法》規定，這是與生產經營有關的支出，減除責任人賠償和保險賠款后的余額，可以在稅前扣除。
收到賠償金：收到的賠償款在扣除繳納的流轉稅和相關損失后的凈收益應并入計稅所得額繳納企業所得稅。
出口退稅：
已申報免抵退稅：如果出口貨物因質量問題需支付賠償金，且已辦理免抵退稅，根據《國家稅務總局關于出口企業申報出口貨物退（免）稅提供收匯資料有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第30號）規定，如果出口貨物不能收匯，可按壞賬處理，同時免抵退稅款在當期進行沖減。
未申報退稅：如果出口貨物未申報退稅，按照現行政策當地國稅局要求視同內銷征稅。
